Il team di esperti supporta i ricercatori dalla preparazione dei campioni fino all'analisi dei dati, garantendo un percorso scientifico fluido, rigoroso e su misura. Che si tratti di cellule vive, tessuti fissati o organoidi, la facility offre protocolli ottimizzati, sessioni guidate di acquisizione e pipeline di analisi personalizzate.
La pagina è divisa in due parti: le piattaforme di imaging, cioè gli strumenti con cui si acquisiscono le immagini, e le applicazioni, cioè le domande biologiche a cui queste piattaforme permettono di rispondere.
Microscopia widefield
Illumina l'intero campione in un unico scatto. È la forma più semplice di microscopia a fluorescenza ed è anche la più sensibile, ideale per osservazioni rapide su campioni fissati e non.
Microscopia confocale
Elimina la luce fuori fuoco e permette di ricostruire il campione in tre dimensioni. È oggi la tecnica più utilizzata per studiare la struttura interna di cellule e tessuti, fissati o vivi.
Light-sheet microscopy
Illumina il campione con un sottile "foglio" di luce, acquisendo immagini molto velocemente e con un danno minimo alle cellule. Ideale per campioni grandi e vivi, come embrioni, organoidi e sferoidi tumorali, osservati per lungo nel tempo.
TIRF (Total Internal Reflection Fluorescence)
Illumina solo una sottilissima regione a contatto con il vetrino, per osservare in modo estremamente pulito ciò che avviene a livello della membrana cellulare, come l'adesione o i contatti tra cellule.
Microscopia non lineare
Microscopia a due fotoni, generazione di seconda armonica.
Usa luce laser per guardare più in profondità nei tessuti con meno danno alle cellule. La generazione di seconda armonica permette inoltre di vedere strutture come il collagene senza alcun colorante.
Nanoscopia (super-risoluzione)
STED.
Supera il limite fisico di risoluzione della luce visibile, rivelando dettagli fino a dieci volte più piccoli rispetto alla microscopia tradizionale.
Microscopia elettronica correlativa (CLEM)
Combina la microscopia ottica, che mostra dove si trova e cosa fa una molecola in una cellula viva, con la risoluzione ultrastrutturale della microscopia elettronica.
Acquisizione su campioni fissati e a mosaico
Il punto di partenza più semplice: una singola immagine su un campione fissato. Quando l'area da osservare supera il campo visivo del microscopio, l'acquisizione a mosaico unisce automaticamente più campi visivi in un'unica immagine di grande formato.
Time-lapse su cellule vive
Il passo successivo è seguire un campione vivo nel tempo, per osservare processi come la divisione cellulare, la migrazione o i cambiamenti di forma. Si scattano tante immagini nel tempo, con la piattaforma più adatta (widefield, confocale, light-sheet o altre), seguendo il processo mentre avviene.
Microscopia intravitale
Permette di osservare direttamente cosa accade in un tessuto o in un tumore all'interno di un organismo vivo, in tempo reale. Si basa soprattutto sulla microscopia a due fotoni, che raggiunge profondità di imaging sufficienti a studiare il comportamento delle cellule tumorali nel loro ambiente naturale, incluse le interazioni con il sistema immunitario o la risposta a un trattamento.
Studio dei movimenti molecolari
Optogenetica, fotoattivazione, FRAP, FLIP
Queste metodiche permettono di "evidenziare" con la luce un piccolo gruppo di molecole nella cellula e seguirne il movimento nel tempo: si può accendere, spegnere o spostare selettivamente alcune proteine fluorescenti e osservare quanto velocemente si diffondono o si scambiano con quelle vicine. Si eseguono tipicamente al confocale o in widefield. Un modo per capire come si comportano le proteine coinvolte, ad esempio, nella crescita tumorale o nella risposta a un farmaco.
Interazioni tra proteine
Colocalizzazione, FRET, imaging del tempo di vita della fluorescenza
Nella cellula, le proteine spesso lavorano a stretto contatto tra loro. Queste metodiche, applicabili su diverse piattaforme, permettono di verificare se due proteine si trovano davvero nello stesso punto della cellula, o addirittura se sono così vicine da toccarsi: strumenti fondamentali per capire i meccanismi molecolari che possono essere alterati nel cancro.
Danno e riparazione del DNA indotti da laser
Un raggio laser può essere puntato su una regione precisa del nucleo per creare un piccolo danno controllato al DNA. Osservando cosa succede subito dopo, si vede in diretta quali proteine intervengono per riparare il danno: un aspetto centrale nello studio dei meccanismi che, se alterati, possono favorire lo sviluppo di un tumore.
Meccanobiologia
Le cellule rispondono anche a stimoli fisici, non solo chimici: quanto è rigido il tessuto intorno a loro, quanta forza ricevono o esercitano. Queste metodiche permettono di misurare e, in alcuni casi, riprodurre queste forze meccaniche, importanti nella crescita e nella diffusione dei tumori.
Microiniezione
Con strumenti di precisione è possibile iniettare sostanze - DNA, proteine, coloranti - direttamente in una singola cellula vivente, utile per testare l'effetto di una molecola in modo mirato.
Per capire quale piattaforma o metodica sia più adatta al proprio progetto di ricerca, i ricercatori possono contattare l'unità di Microscopia Ottica Avanzata: il nostro team è a disposizione per aiutare a definire l'approccio sperimentale più adatto.
In microscopia, la preparazione del campione è un passaggio fondamentale per ottenere immagini di qualità e dati affidabili. Le modalità di preparazione variano a seconda del tipo di campione, delle tecniche di acquisizione e degli obiettivi dell'analisi.
Supportiamo i ricercatori in questa fase, consigliando i protocolli più adatti alle diverse esigenze sperimentali, e li affianchiamo nella progettazione dell'esperimento, ad esempio nella scelta di reagenti specifici come proteine fluorescenti, sensori o coloranti.
Mettiamo inoltre a disposizione alcuni reagenti utili per la colorazione di campioni fissati (anticorpi secondari marcati con fluorofori, coloranti nucleari...) e per il montaggio dei campioni (mounting medium).
Con circa 180 protocolli di analisi personalizzati sviluppati annualmente, il nostro team fornisce supporto immediatamente dopo la raccolta dei dati, dall’elaborazione delle immagini, alla loro analisi e interpretazione. Tutti i plugin e le pippelines possono essere sviluppati in software open-source (Fiji, CellProfiler, QuPath) o su piattaforme commerciali (Matlab, Arivis, Harmony, Prism).
Esempi di strumenti implementati includono:
Rilevamento di cellule, nuclei e particelle:
Segmentazione e classificazione con metodi classici e/o machine learning (2D e 3D)
Tracking di cellule e particelle:
Pipeline per il tracking cellulare, PIV (Particle Image Velocimetry), wound healing e traffico di particelle
Motilità molecolare:
Analisi di FRAP
Analisi di imaging label-free:
Analisi dell’orientamento delle fibre di collagene con strumenti di machine learning
Interazioni proteiche:
Quantificazione della colocalizzazione, formazione di foci (2D e 3D), analisi FRET
Analisi di immagini di immunoistochimica:
Pipeline di rilevamento oggetti con segmentazione con soglia di colore o machine learning (modelli pre-addestrati o personalizzati), applicabile ad analisi di vetrini interi o singole immagini
Analisi immagini assistita da IA
Integrazione di strumenti di intelligenza artificiale e machine learning per migliorare segmentazione, tracking e analisi quantitativa
Offriamo supporto completo e personalizzato sia per ricercatori senior che per scienziati all’inizio della carriera, favorendo lo sviluppo delle competenze necessarie per sfruttare al meglio le risorse avanzate di microscopia disponibili presso IFOM.